為減低環境因素對於時頻系統穩定性之影響，建立特殊設計之標準時頻實驗室，以維持高準確度之時間與頻率國家標準，簡述如下：

1. 原子鐘電磁隔離室4間：用以置放銫原子鐘群、主動式氫原子鐘群、比對記錄設備及相位微調器以產生國家時間與頻率標準。

2. 國際時頻比對設備室1間：用以置放導航衛星接收機及衛星雙向傳時收發機，以透過導航衛星及國際通訊衛星與其他國家時頻標準實驗室進行國際時頻比對，追溯國際時頻標準。。

3. 校正電磁隔離室1間：用以置放國家時間與頻率標準實驗室標準系統能量與校正服務第1項「時間量測系統」、第2項「頻率量測系統」、第3項「相位比較系統」及第4項「頻率及相位量測系統」等設備並可執行校正服務，以協助國內時頻設備及產品追溯國際標準。

4. 隔離室均由恆溫恆濕空調維持於21ºC~25ºC、40%~60%之溫溼度環境。且所有設備並以市電、UPS、備用發電機及直流電池4重保護，以維持不間斷之電力供應。